西塔は昭和56年（1981）に復興されました。東塔と比較すると、まずその鮮やかな色に目を奪われますが、またそれは奈良を表わす色使いでもあると言えます。塔の連子窓［れんじまど］に使われている色を「青［あお］」色、扉や柱に使われている色を「丹［に］」色と呼び、万葉集の一節に

あおによし　ならのみやこは　さくはなの　におうがごとく　いまさかりなり

と歌われている事からも当時の平城京の華やかさを表現する意味もあったのではないかと思われます。「青丹良し」とは奈良の枕ことばを意味するのです。色はもちろん連子窓の有無や屋根の反り、基檀の高さ等、東塔との違いが多く見られまが、（例えば、東塔の連子窓は、度重なる修復時に白壁に変えられています。）まさにその違いこそが1300年という歴史の流れを表しているそうです。

中門は昭和59年（1984）に西塔に引き続き復興されました。その年、10月8日の落慶法要の時にはお扉だけを開きました。そして、その後昭和天皇さまが奈良で開催された「わかくさ国体」の開会式（10月10日）にお出ましになられ、その翌日に初通りを願える事が出来ました。また、平成3年（1991）には二天王像も復元されました。回廊は、藤原京薬師寺では単廊であったとされていますが、平城京薬師寺では複廊と呼ばれる2重構造になっているのが特徴だそううです。現在すでに第三期までが復興工事を完了しているとのこと。

塔は本来お釈迦様のお墓を意味します。インドで梵語のストゥーパが音訳されて卒塔婆［そとうば］となり、それが塔婆、更には塔と表現されるようになりました。お釈迦様のご遺骨（仏舎利［ぶっしゃり］）を埋葬して盛り土をしたものが原型です。その塔婆を遠くからでも拝めるように、また尊敬の気持ちから、より高い台の上にお祀りするようになったそうです。

　薬師寺東塔は一見六重に見えますが、実は三重の塔です。これは各層に裳階［もこし］と言われる小さい屋根があるためで、この大小の屋根の重なりが律動的な美しさをかもし出し「凍れる音楽」という愛称で親しまれているようです。

　塔の上層部を相輪［そうりん］といいます。その更に上部に尊い塔が火災にあわぬようにとの願いをこめて、水煙が祀られています。水煙に透かし彫りされた２４人の飛天は笛を奏で、花を蒔き、衣を翻し、祈りを捧げる姿で、晴れ渡った大空にみ仏を讃えているとのことだそうです。

　薬師寺で唯一創建当時より現存している建物で、1300年の悠久の時を重ねてきた歴史をその姿から感じられます。

金堂は享禄元年（1528）この地域の豪族の戦火に巻きこまれ、西塔などと共に焼け落ちてしまいました。その後、豊臣家が金堂の仮堂を建て、その後本格的な金堂の再建に取りかかる筈でしたが、豊臣家滅亡などの事情で400年近く仮堂のままの状態だったそうです。

　金堂の再建は歴代の薬師寺住職にとって悲願中の悲願でした。昭和42年（1967）高田好胤師が晋山し、百万巻写経勧進による金堂再建を提唱、全国に写経勧進に歩かれ、その結果昭和46年（1971）金堂の起工式を行い、そして昭和51年（1976）4月に白鳳時代様式の本格的な金堂として復興されたそうです。

昭和51年に金堂、同56年に西塔が落慶し、以後中門・回廊の再建工事と平行して大講堂の復元設計に着手。基本設計は西岡常一棟梁で金堂以来一貫した裳階付の薬師寺独自の様式です。大講堂は正面41ｍ、奥行20ｍ、高さは約17ｍあり伽藍最大の建造物です。大講堂が金堂より大きいのは古代伽藍の通則で、これは南都仏教が教学を重んじ講堂に大勢の学僧が参集して経典を講讃したためだそうです。特に薬師寺では平安時代に入ると南京三会［なんきょうさんえ］の一つ最勝会［さいしょうえ］の道場となって、勅使［ちょくし］を迎えた法会が毎年盛大に営まれ、最勝会では持統天皇が持統6年（692）に天武天皇の菩提を弔うために奉安した高さ3丈（8,9ｍ）、広さ2丈1尺8寸（6,5ｍ）の阿弥陀浄土を写した大繍仏像が正面に祀られました。金堂の本尊薬師如来像が持統天皇の病気平癒の願いを込め天武天皇が発願されたのはよく知られるところで、いわば薬師寺白鳳伽藍は、天武・持統二代の天皇の夫婦愛が、それぞれ金堂と大講堂にこめられているのだそうです。大講堂は現在の建築基準法に合わせ現代の技法を取り入れながら伝統工法による復元建築で、最大級の建物です。薬師寺白鳳伽藍の雄大さを象徴しています。

東院堂は、養老年間（717～724）に吉備内親王［きびないしんのう］が元明天皇［げんめいてんのう］の冥福を祈り、建立されました。奈良時代は現在地の東側に建てられていましたが、天禄４年（973）の火災で焼失しました。現在の建物は正面７間、側面４間の入母屋造本瓦葺で、弘安8年（1285）に南向きで再建されましたが、享保18年（1733）に西向きに変えられました。高い基檀の上に建つのは、水害・湿気を避けるためであり、鎌倉時代後期の和様仏堂の好例です。堂内には、白鳳仏を代表する国宝 聖観世音菩薩が安置され、その四方は鎌倉時代の四天王像が守護していました。