札所本尊の千手観音像については、次のような説話が伝承されている。宝亀2年（771年）のこと、当時槇尾山寺に住していた摂津国の僧・法海のもとに、一人のみすぼらしい格好をした修行僧があらわれ、夏安居（げあんご）の期間をこの寺で過ごさせてくれと頼んだ。この修行僧は客僧として槇尾山寺に置いてもらえることとなり、夏安居の期間、熱心に修行に励んだ。予定の期間が終わって寺を辞去しようとする際、客僧は帰りの旅費を乞うたが、寺僧たちはそれを拒んだ。すると、客僧は怒り出し、「何ということだ。この寺は、見かけは立派だが、真の出家者などはいないではないか。このような寺はいずれ滅び去り、悪鬼の棲家となるであろう」と叫んで、出て行ってしまった。驚いた法海が後を追うと、修行僧ははるかかなたの海上を、沈みもせずに歩いている。これを見た法海は、あの修行僧は自分らを戒めるために現れた観音の化身であったと悟り、千手観音の像を刻んで祀ったという。

縁起には役小角（役行者）、行基、空海（弘法大師）などに関わる伝承もある。役小角については、彼が自ら書写した法華経の巻々を葛城山の各所の秘密の場所に埋納し、最後に埋めたのがこの山であったことから巻尾山（槇尾山）の名が付いたとする、地名起源伝承がある。また、空海は延暦12年（793年）、20歳の時、槇尾山寺において勤操を導師として出家剃髪し、沙弥戒を受けたとする伝えがある。空海の当地における出家剃髪は史実とは認めがたいが、空海が唐からの帰国後、都に戻る直前の大同4年（809年）頃、当寺に滞在した可能性は別の史料から指摘されている。縁起には、延喜16年（916年）、定額寺に定められるとするが、施福寺は度重なる火災で古記録が失われており、これも史実か否か不明である。

以上のように、施福寺の初期の歴史は伝説色が濃く、判然としないが、『日本霊異記』に言及されている「和泉国泉郡の血渟（ちぬ）の山寺」は当寺のこととされ、同書の成立した9世紀前半には著名な寺院であったことが伺われる。

正嘉年間（1257 - 1259年）、後白河上皇所縁の法華経と仏像が奉納されたことが縁起に見え、寺が所蔵する「法華経妙音菩薩品」（平安時代の装飾経）がそれにあたると推定されている。仁治年間（1240年 - 1243年）には、仁和寺菩提院の僧・行遍によって灌頂堂（密教の師資相承の儀式を行う堂）が建立されており、中世には当寺は仁和寺の支配下にあった。

南北朝時代には南朝方の拠点の一つとなり、寺の衆徒も南朝方に与した。そのため戦火に巻き込まれることが多く、寺は衰亡した。天正9年（1581年）には織田信長と対立したことが原因で一山焼き払われるが、豊臣秀頼の援助により、慶長8年（1603年）に伽藍が復興された。

近世には徳川家の援助で栄え、その関係で寛永年間頃に真言宗から天台宗に改宗、江戸の寛永寺の末寺となった。江戸時代末期の弘化2年（1845年）の山火事で仁王門を除く伽藍を焼失。現在の本堂等はその後に再建されたものである。（２０１７．６．１４参詣）