奈良市の西郊、富雄地区にあり、富雄川の支流湯屋川をはさんで南北両側の丘陵上に鎌倉時代建立の本堂（国宝）、三重塔（重文）などの建物が建つ。これら古建築とともに、全面金箔貼りの黄金殿、バラ園、温泉、ゴルフ練習場、大霊園などの設備を有する異色の寺院である。
伝承によれば、小野妹子の子である小野富人は、壬申の乱（672年）に加担したかどで右大臣の地位を辞し、今の霊山寺境内にあたる登美山に閑居して登美仙人あるいは鼻高仙人（びこうせんにん）と称したという。鼻高仙人となった小野富人は、登美山に薬師如来を祀り、病人を癒すために薬草を栽培し薬湯を設けた。これは、彼が熊野本宮大社に参篭した際に出現した薬師如来（熊野速玉大神の本地仏）のお告げにしたがったものであった。
神亀5年（728年）のこと、聖武天皇の皇女（のちの孝謙天皇）は、病に苦しんでいた。ある晩、天皇の夢枕に鼻高仙人が現われ、登美山の薬師如来の霊験を説いたので、僧・行基を登美山につかわして祈願させたところ、皇女の病が平癒した。天平6年（734年）、聖武天皇は行基に命じて霊山寺を建立させた。2年後の天平8年（736年）に来日したインド僧・菩提僊那（東大寺大仏の開眼供養の導師を務めた）は、登美山の地勢が故郷インドの霊鷲山（りょうじゅせん）に似ていることから霊山寺と名付け、聖武天皇からは「鼻高霊山寺」の額を賜ったという。
以上のように、寺伝では聖武天皇の勅願により行基が開いたとされているが、このことは正史には見えず、開創の時期や事情、中世以前の歴史についてはあまり明らかではない。しかし、現存する本堂、三重塔は鎌倉時代の本格的な建築であり、本尊薬師三尊像は平安時代後期にさかのぼるものなので、古くから栄えた寺院であったと思われる。兵火に遭わなかったため、建物、仏像などに古いものが残り、近世には徳川幕府の朱印寺として一定の規模を維持していたが、明治の廃仏毀釈以後は衰退した。宗派は中世には興福寺の末寺であり、のち高野山真言宗に属したが、昭和26年（1951年）に独立して霊山寺真言宗を称している。昭和期以降は本尊薬師如来とともに、奥の院（主要伽藍の西方約1キロの山中にある）の弁才天が信仰の中心となっており、昭和10年（1935年）に奥の院の弁才天を勧請して大弁才天堂を建立したのをはじめとして、「弁才天のお告げ」によって造ったとされる多くの堂や施設が山内に建てられている。
境内東側の正面入口には一般の仏教寺院と違い、門ではなく朱塗りの鳥居が立つ。これは信仰の中心となっている大弁才天堂への入口を示すものである。鳥居をくぐって道の右側（北側）にはバラ庭園、天龍閣（食事宿泊施設）、大弁才天堂、黄金殿、白金殿などがあり、奥の石段上に国宝の本堂が建つ。道の左側（南側）には仙人亭（喫茶軽食）、薬師湯、ゴルフ練習場などがあり、その奥の石段上に三重塔が建つ。三重塔近くには南大門跡があり、当初は他の古代寺院同様、南側が正面入口であった可能性が高い。（２０１３．６．２９参詣）
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