二尊院（にそんいん）は、京都市右京区嵯峨二尊院門前長神町にある天台宗の寺院。山号は小倉山。寺号は華台寺。本尊は釈迦如来と阿弥陀如来。詳しくは小倉山二尊教院華台寺（おぐらやま にそんきょういん けだいじ）、二尊敎院華臺寺と称する。二尊院の名は本尊の「発遣の釈迦」と「来迎の阿弥陀」の二如来像に由来する。

総門を入った「紅葉の馬場｣と呼ばれる参道は、紅葉の名所として知られる。また奥には小倉百人一首ゆかりの藤原定家が営んだ時雨亭跡と伝わる場所がある。また、小倉あん発祥の地として伝わる。

平安時代初期の承和年間（834年 - 847年）、嵯峨天皇の勅により円仁（慈覚大師）が建立したと伝わる。以後荒廃するが、鎌倉時代初期に法然の高弟だった第3世湛空らにより再興され、天台宗・真言宗・律宗・浄土宗の四宗兼学の道場となったが、中でも浄土宗の勢力が強く、嵯峨門徒の拠点となった。また、湛空は土御門天皇と後嵯峨天皇の戒師を務めている。

嘉禄3年（1227年）に起こった嘉禄の法難の際には、法然の遺骸を天台宗の僧兵から守るために法然廟所から二尊院まで六波羅探題の武士団らに守られながら遺骸が移送された。

第4世叡空は後深草天皇、亀山天皇、後宇多天皇、伏見天皇の四帝の戒師を務めている。

南北朝時代から御黒戸四箇院（廬山寺・二尊院・般舟三昧院・遣迎院）の一つとして、御所内の仏事を明治維新まで司っている。そのため、鷹司家や二条家などの公家の墓が数多くある。

室町時代になると応仁の乱による延焼で堂塔伽藍が全焼するが、本堂と唐門が約30年後の永正18年（1521年）、後奈良天皇の戒師を務めた第16世恵教上人の代に三条西実隆が寄付金を集めて再建している。

江戸時代後期より天台宗に属するようになり、「嵯峨三名跡」の1か寺に数えられる。

（２０２３．１０．４参詣）.