1871年（明治4年）に熊野坐神社（くまのにますじんじゃ）として国幣中社に列格し、1915年に官幣大社に昇格した。

現在の社地は山の上にあるが、1889年（明治22年）の大洪水で流されるまで社地は熊野川の中州にあった。明治以後、山林の伐採が急激に行われたことにより山林の保水力が失われ、大規模な洪水が引き起こされ、旧社地の社殿は破損した。現在、旧社地の中州は「大斎原」（おおゆのはら）と呼ばれ、日本一高い大鳥居（高さ33.9m、横42m、鉄筋コンクリート造、平成12年完成）が建っている。

「熊野権現垂迹縁起」によると、熊野坐大神は唐の天台山から飛来したとされている。熊野坐大神（家都美御子大神）は、須佐之男命とされるが、その素性は不明である。太陽の使いとされる八咫烏を神使とすることから太陽神であるという説や、中州に鎮座していたことから水神とする説、または木の神とする説などがある。

家都美御子大神について他にも五十猛神や伊邪那美神とする説があり、菊理媛神とも関係する説もあるが、やはりその素性は不詳とされる。（２０１４．１１．４訪問）