法隆寺東院の北方に位置する。現存する三重塔は1975年の再建であるため、世界遺産「法隆寺地域の仏教建造物」には含まれていない。法輪寺は寺史に関わる史料が乏しいため、創建事情の詳細は不明であるが、発掘調査の結果等から、7世紀中頃には存在していたことは間違いない。本尊薬師如来像と虚空蔵菩薩像も飛鳥時代末期にさかのぼる古像である。三井寺と言う別名は、当寺のある三井の地名に由来し、付近に聖徳太子ゆかりと言われている3つの井戸があった所から来ている。

当寺の創建については、『日本書紀』や『法隆寺伽藍縁起并流記資材帳』（ほうりゅうじがらんえんぎ ならびに るきしざいちょう）には記載がなく、不明な点が多い。

創建については、古くから2つの説がある。1つの説は『聖徳太子伝私記』（嘉禎4年・1238年、顕真著）に見えるもので、聖徳太子の子である山背大兄王が太子の病気平癒を祈るため、622年（推古30年）に建てた、とする。今一つの説は『上宮聖徳太子伝補闕記』（平安時代前期成立）および『聖徳太子伝暦』（延喜17年・917年、藤原兼輔著）に見えるもので、創建法隆寺の焼失後、百済の開法師・円明法師・下氷新物（しもつひのにいもの）の3人が建てたとするものである。これらの人物の名前については「聞法師、円明師、下氷君雑物（しもつひのきみくさもの）とも伝えるが、いずれの人物も伝記は不明である。

発掘調査の結果、法隆寺再建伽藍（現存）に近い瓦と、それより一段階古い瓦とが出土している。また、前身建物の遺構とみられる掘立柱穴や溝も検出されており、当時の創建は飛鳥時代末期、7世紀中頃までさかのぼると考えられている。（２０１４．３．２８訪問）