御影堂は、境内のほぼ中心に位置する和様の道場形式の堂宇である。屋根は瓦葺きの重層入母屋造。外観が二重屋根であるため二層建築に見えるが、下部は裳階であり単層建築である。建築規模は、間口76m・奥行き58mであり、建築面積において世界最大の木造建築物である。現在の建物は、明治13年（1880年）に起工し、明治28年（1895年）の完成である。平成16年（2004年）3月から平成21年（2008年）12月にかけて、大規模修復が行われた。総工費は、約98億円である。

堂内は、「内陣」・「外陣」・「参拝席」に分かれている。

内陣は横に7つの室に分かれていて、中央の間を「内陣本間」と呼ぶ。「内陣本間」側から、左側の余間を「十字の間」・「九字の間」・「飛檐の間」と呼び、同じく右側の余間を「六軸の間」・「新六軸の間」・「御簾の間」と呼ぶ。

「内陣本間」の中央に須弥壇上を設け、その上に「御厨子」を置き「御真影」（宗祖親鸞の坐像）を安置する。「内陣本間」の左右壇上には歴代門首の絵像が奉掛される。

阿弥陀堂は、御影堂の南側に位置する禅宗様を取り入れた仏堂である。屋根は瓦葺きの単層入母屋造。建築規模は、間口52m・奥行き47mである。床面積比で御影堂の半分以下しかないが、仏堂の大きさとしては全国7位である。現在の建物は、明治13年（1880年）起工し、明治28年（1895年）の完成である。

御影堂と同様に阿弥陀堂内も、内陣・外陣・参拝席に分かれている。

内陣の本間中央に須弥壇を設け、その壇上の宮殿内に本尊 阿弥陀如来（木像・立像）が安置される。また、本間右側の壇上には聖徳太子の絵像が、本間左側の壇上には法然の絵像が奉掛される。内陣の「本間」から右側の余間を「北余間」と呼び、その床上に内側から龍樹・天親・曇鸞の絵像が、左側の「南余間」の床上に道綽・善導・源信の絵像が奉掛される。

御影堂門は、高さ約28mの入母屋造・本瓦葺き・三門形式の二重門。「真宗本廟」の扁額を掲げる。京都三大門（東福寺、知恩院）の1つである。明治44年（1911年）の再建。

上層（非公開）には、釈迦如来像（坐像）を中央に、脇侍として向って右側に弥勒菩薩像（立像）、左側に阿難尊者像（立像）の三尊が安置され、浄土真宗の正依の経典「浄土三部経」の1つである『仏説無量寿経』の会座をあらわす。また、その手前には仏舎利が安置される。

2013年1月、御影堂門の修復に着工している。

阿弥陀堂門は、切妻造・檜皮葺きの四脚門。正背面に唐破風を設ける。境内で京都駅に一番近く、段差の無いバリアフリーの門である。江戸時代中頃に、「唐門」の名称で建てられる。現在の阿弥陀堂門は、御影堂門と同じく明治44年の再建である。

消失した阿弥陀堂を再建する際に規模が拡大されたため、御影堂の正面にある御影堂門と異なり、阿弥陀堂門は阿弥陀堂の真正面に位置していない。

参拝接待所は、東本願寺（真宗本廟）の総合窓口である。昭和9年（1934年）に「志納所」に替えて建てられる。「真宗本廟収骨（須彌壇収骨）」「本山読経」「帰敬式」の申込・受付の他、本尊・蔵版の授与、懇志の受付などの窓口業務を行なう。