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現在、「史跡元興寺」として指定されている地域は（1）奈良市中院町の「元興寺極楽坊」、（2）同市芝新屋町の「元興寺（塔跡）」（3）同市西新屋町の「元興寺小塔院跡」の3か所である。これらはいずれも、蘇我馬子が6世紀末、飛鳥に建立した日本最古の本格的寺院、法興寺（現在の飛鳥寺）の後身である。和銅3年（710年）の平城京遷都に伴って、飛鳥にあった薬師寺、厩坂寺（のちの興福寺）、大官大寺（のちの大安寺）などは新都へ移転した。法興寺は養老2年（718年）平城京へ移転したが、飛鳥の法興寺も廃止はされずに元の場所に残った。通常、飛鳥にある寺を「法興寺」「本元興寺」、平城京の方の寺を「元興寺」と称している。「法興」も「元興」も、日本で最初に仏法が興隆した寺院であるとの意である。
奈良時代の元興寺は三論宗と法相宗の道場として栄え、東大寺や興福寺と並ぶ大伽藍を誇っていた。寺域は南北4町（約440メートル）、東西2町（約220メートル）と南北に細長く、興福寺の南にある猿沢池の南方、今日「奈良町（ならまち）」と通称される地区の大部分が元は元興寺の境内であった。猿沢池南東側にある交番のあたりが旧境内の北東端、奈良市音声館（奈良市鳴川町）のあたりが旧境内の南西端にあたる。
奈良においては東大寺、興福寺が勢力を増す一方で、元興寺は律令制度が崩壊する10～11世紀以降徐々に衰退していった。 長元8年（1035年）の「堂舎損色検録帳」という史料によると、金堂をはじめとする元興寺の伽藍は、この頃には荒れ果てて見る影もなかったという。この頃、元興寺の別当が修理のために、玄象（絃上）と並ぶ名物とされた寺宝の琵琶「元興寺」を後朱雀天皇に売却したという話が「江談抄」「古今著聞集」に見え、寺宝の琵琶を手放さなければならなかった元興寺の窮状を伝えている。なお寛元四年（1246年）の記録では、この頃までに五重塔の四、五重目と相輪が失われ、南大門、鐘楼が大破していたという。
元興寺には奈良時代の学僧・智光が描かせた阿弥陀浄土図（智光曼荼羅）があったが、平安末期の末法思想の流行や阿弥陀信仰の隆盛とともにこの曼荼羅が信仰を集めるようになった。曼荼羅を祀る堂は「極楽坊」と呼ばれて、次第に元興寺本体とは別の寺院として発展するようになった。これが現在、奈良市中院町にある元興寺、通称元興寺極楽坊である。現存する元興寺極楽坊の本堂と禅室は、奈良時代に智光をはじめとする僧たちが住んでいた僧房を鎌倉時代に改築したものである。
極楽院は明治以降は荒れ果て、現在国宝に指定されている本堂も1950年ころまでは床は落ち、屋根は破れて「化け物が出る」と言われたほどの荒れ方であった。第二次世界大戦中の1943年に極楽院の住職となった辻村泰圓は戦災孤児のための社会福祉事業に尽力するかたわら、境内の整備や建物の修理を進めた。1962年には辻村により境内に財団法人元興寺仏教民俗資料研究所が設立され（1978年に元興寺文化財研究所と改称）、1965年には寺宝を収蔵展示する収蔵庫が完成するなど、徐々に整備が進んだ。元興寺仏教民俗資料研究所は、本堂解体修理中に屋根裏から発見された数万点の庶民信仰資料（板塔婆など）を研究することを当初の目的として設立された。極楽院は1955年に「元興寺極楽坊」と改称、さらに1977年に「元興寺」と改称されている。2010年8月禅室の一部に使用されている木材が世界最古の現役木製建築部材であることが確認された。（２０１３．７．６訪問）
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