曹洞宗の宗祖道元は正治2年（1200年）に生まれた。父は村上源氏の流れをくむ名門久我家の久我通親であるとするのが通説だが、これには異説もある。14歳で当時の仏教の最高学府である比叡山延暦寺に上り、仏門に入った。道元は日本臨済宗の宗祖である建仁寺の栄西に教えを請いたいと思ったが、栄西は道元が出家した2年後に、既に世を去っていた。比叡山を下りた道元は真の仏法を学ぶには中国（宋）で学ぶしかないと道元は考えた。師の明全も同じ考えであり、彼ら2人は師弟ともども貞応2年（1223年）に渡宋する。道元は如浄の法を嗣ぐことを許され、4年あまりの滞在を終えて帰国した。日本へ戻った道元は初め建仁寺に住し、のちには深草（京都市伏見区）に興聖寺を建立して説法と著述に励んだが、旧仏教勢力の比叡山からの激しい迫害に遭う。

旧仏教側の迫害を避け新たな道場を築くため、道元は信徒の1人であった越前国（福井県）の土豪・波多野義重の請いにより、興聖寺を去って、義重の領地のある越前国志比庄に向かうことになる。寛元元年（1243年）のことであった。

当初、義重は道元を吉峰寺へ招いた。この寺は白山信仰に関連する天台寺院で、現在の永平寺より奥まった雪深い山中にあり、道元はここでひと冬を過ごすが、翌寛元2年（1244年）には吉峰寺よりも里に近い土地に傘松峰大佛寺（さんしょうほうだいぶつじ）を建立する。これが永平寺の開創であり、寛元4年（1246年）に山号寺号を吉祥山永平寺と改めている。

寺号の由来は中国に初めて仏法が伝来した後漢明帝のときの元号「永平」からであり、意味は「永久の和平」である。

その後の永平寺は、2世孤雲懐奘、3世徹通義介のもとで整備が進められた。義介が三代相論で下山し4世義演の晋住後は外護者波多野氏の援助も弱まり寺勢は急激に衰えた。一時は廃寺同然まで衰微したが、5世義雲が再興し現在にいたる基礎を固めた。暦応3年（1340年）には兵火で伽藍が焼失、応仁の乱の最中の文明5年（1473年）でも焼失した。その後も火災に見舞われ、現存の諸堂は全て近世以降のものである。（２０１３．９．１７訪問）