伝承によれば、第12代景行天皇の時代に、武内宿禰がこの地で柳の木に「寿命長遠諸願成就」と彫り長寿を祈願した。このため宿禰は300歳の長命を保ったと伝えられる。その後、聖徳太子がこの地に赴いた際、宿禰が祈願した際に彫った文字を発見したという。これに感銘を受けてながめていると白髪の老人が現れ、その木で仏像を彫りこの地に安置するよう告げた。太子は早速、十一面観音を彫りこの地に安置した。太子は宿禰の長寿にあやかり、当寺を長命寺と名付けたと伝えられている。その名の通り、参拝すると長生きすると言い伝えられている。

実際の創建年次や創建の事情については未詳であり、確実な史料における長命寺の寺号の初見は、承保元年（1074年）3月2日付の「奥島庄司土師助正畠地寄進状」という文書である。

長命寺には中世以降の文書が豊富に残されている。それによると、中世の長命寺は比叡山（延暦寺）西塔の別院としての地位を保ち、近江守護佐々木氏の崇敬と庇護を受けて栄えていた。しかし、永正13年（1516年）、佐々木氏と伊庭氏の対立による兵火により伽藍は全焼。現存する堂宇は室町時代から近世初期にかけて再建されたものである。

寺は近江八幡市の市街地の北方、琵琶湖岸にそびえる長命寺山の頂上近くの南側山腹にある。この地は1951年に当時の八幡町に編入されるまでは蒲生郡島村であった。長命寺山の東側には大中之湖干拓地が広がり、干拓以前の島村は文字通りの島であった。長命寺山の麓の船着場は安土への水路（長命寺川）の入口にもあたり、交通の要衝でもあった。

長命寺本堂へは、湖岸から「八百八段」と呼ばれる石段の参道があり、登りには約20分を要するが、現在は本堂近くまで自動車道も整備されている。石段下の右には穀屋寺、左には日吉神社がある。穀屋寺は、かつて寺領から上がる米を納めたところである。石段途中に冠木門があるのみで、山門はない。石段の途中左手に妙覚院と真静院、さらに上ると右手に禅林院、金乗院があるが、元禄5年（1692年）の記録によると、当時は上述の4か院を含め19の子院が存在した。石段を登りきったところが本堂の縁下である。南に面した境内には本堂のほか、右方に三重塔と護摩堂、左方に三仏堂、護法権現社、鐘楼、やや離れて太郎坊権現社がある。主要堂宇は屋根を瓦葺きでなく檜皮葺きまたはこけら葺きとしており、独特の境内風景を形成している。本堂裏の「六所権現影向石」をはじめ、境内各所に巨岩が露出しており、かつての巨石信仰の名残と考えられている。

「千手十一面聖観世音菩薩三尊一体」、つまり、千手観音、十一面観音、聖観音（しょうかんのん）の3体が長命寺の本尊であるとされている。本堂内陣の厨子には、中央に千手観音像、向かって右に十一面観音像、左に聖観音像が安置されている（いずれも重要文化財、秘仏）。千手観音像（像高91.8 cm）は一木割矧造、素地截金仕上げで、平安時代末期、12世紀頃の作と推定される。十一面観音像（像高53.8 cm）は、千手観音像より古い10世紀ないし11世紀の作と推定され、こちらが当初の本尊であった可能性もある。聖観音像（像高67.4 cm）は鎌倉時代の作と推定される。これらの像を安置する厨子は前の間と後の間に区分され、後の間には地蔵菩薩立像と薬師如来立像を安置する。（２０１６．７．２７参詣）