京都南郊の宇治の地は、『源氏物語』の「宇治十帖」の舞台であり、平安時代初期から貴族の別荘が営まれていた。現在の平等院の地は、9世紀末頃、光源氏のモデルともいわれる左大臣で嵯峨源氏の源融が営んだ別荘だったものが宇多天皇に渡り、天皇の孫である源重信を経て長徳4年（998年）、摂政藤原道長の別荘「宇治殿」となったものである。道長は万寿4年（1027年）に没し、その子の関白・藤原頼通は永承7年（1052年）、宇治殿を寺院に改めた。これが平等院の始まりである。開山（初代執印）は小野道風の孫にあたり、園城寺長吏を務めた明尊である。創建時の本堂は、鳳凰堂の北方、宇治川の岸辺近くにあり大日如来を本尊としていた。翌天喜元年（1053年）には、西方極楽浄土をこの世に出現させたような阿弥陀堂（現・鳳凰堂）が建立された。

『観無量寿経』の一節に「若欲至心生西方者、先当観於一丈六像在池水上」（若し至心に西方に生まれんと欲する者は、先ず当（まさ）に一の丈六の像池水の上に在（いま）すを観るべし）とある。鳳凰堂とその周囲の浄土式庭園は、『観無量寿経』の所説に基づき、西方極楽浄土とその教主である阿弥陀如来を観想（特定の対象に心を集中させること）するために造られたとするのが定説である。

飛鳥・奈良・平安前期に広まった仏教は、現世での救済を求めるものであった。平等院が創建された平安時代後期になると、日本では「末法思想」が広く信じられていた。末法思想とは、釈尊の入滅から2000年目以降は仏法が廃れるという思想である。しかし、天災人災が続いたため人々の不安は一層深まり、終末論的な思想として捉えられるようになり、この不安から逃れるための厭世的な思想として捉えられるようになる。仏教も現世での救済から来世での救済に変わっていった。平等院が創建された永承7年（1052年）は、当時の思想ではまさに「末法」の元年に当たっており、当時の貴族は極楽往生を願い、西方極楽浄土の教主とされる阿弥陀如来を本尊とする仏堂を盛んに造営した。

平等院の境内が現在のような景観になったのは、南北朝時代の争乱以降、鳳凰堂（阿弥陀堂）のみが焼け残ったことによるものである。鳳凰堂が主要な堂宇であることは間違いないが、平安時代の平等院では、本堂には密教の主尊である大日如来が安置され、他にも不動堂、五大堂、愛染堂、多宝塔など、密教系の仏像を安置する堂塔が建ち並んでいた。

現在の平等院は、天台宗系の最勝院、浄土宗の浄土院という2つの寺院（共に鳳凰堂の西側にある）が共同で管理している。浄土院は明応年間（1492年 - 1501年）、最勝院は承応3年（1654年）の創始であり、平等院が浄土・天台両宗の共同管理となったのは、天和元年（1681年）、寺社奉行の裁定によるものである。宗教法人平等院の設立は昭和28年（1953年）である。（２０１４．４．２訪問）