飛鳥寺には複数の呼称がある。法号は「法興寺」または「元興寺」（がんごうじ）であり、平城遷都とともに今の奈良市に移った寺は「元興寺」と称する。一方、蘇我馬子が建立した法興寺中金堂跡に今も残る小寺院の公称は「安居院」（あんごいん）である。『日本書紀』では「法興寺」「元興寺」「飛鳥寺」などの表記が用いられている。
飛鳥寺（法興寺）は蘇我氏の氏寺として6世紀末から7世紀初頭にかけて造営されたもので、明日香村豊浦の豊浦寺（尼寺。現在の向原寺がその後身）と並び日本最古の本格的仏教寺院である。発願から創建に至る経緯は『日本書紀』、『元興寺伽藍縁起并流記資財帳』（醍醐寺本『諸寺縁起集』所収、以下『元興寺縁起』という）、ならびに同縁起に引用されている「露盤銘」と「丈六光銘」に記載がある。福山敏男は、『元興寺縁起』の本文には潤色があり史料価値が劣るとする一方で、「露盤銘」は縁起本文よりも古い史料であり信頼が置けるとしている。
『日本書紀』によると、法興寺（飛鳥寺）は用明天皇2年（587年）に蘇我馬子が建立を発願したものである。馬子は排仏派の物部守屋と対立していた。馬子は守屋との戦いに際して勝利を祈念し、「諸天と大神王の奉為（おほみため）に寺塔（てら）を起立（た）てて、三宝を流通（つた）へむ」と誓願し、飛鳥の地に寺を建てることにしたという。
都が平城京へ移るとともに飛鳥寺も現在の奈良市に移転し元興寺となった。『続日本紀』には霊亀2年（716年）に元興寺を左京六条四坊に移すとあり、養老2年（718年）条にも法興寺を新京へ移すとあって記述が重複している。このうち前者の「左京六条四坊」は大安寺の場所にあたることから、霊亀2年の記事は大安寺（大官大寺）の移転のことが誤記されたもので、飛鳥寺（元興寺）の移転は養老2年のことと考えられている。
馬子が飛鳥に建てた元の寺も存続し、本元興寺と称されたが、建久7年（1196年）に雷火で塔と金堂を焼失後、寺勢は衰えた。法隆寺僧・訓海の『太子伝玉林抄』によると、文安4年（1447年）の時点で、飛鳥寺の本尊は露坐であり、江戸時代にも仮堂一宇があるのみであった。江戸時代の学者・本居宣長の『菅笠日記』には、彼が明和9年（1772年）に飛鳥を訪ねた時の様子が書かれているが、当時の飛鳥寺は「門などもなく」「かりそめなる堂」に本尊釈迦如来像が安置されるのみだったという。
現在、参道入口に立つ「飛鳥大仏」の石碑は寛政4年（1792年）のもので当時すでに「飛鳥大仏」と呼ばれていたことが分かる。現・本堂は江戸末期の文政8年（1825年）に大坂の篤志家の援助で再建されたもので、創建当時の壮大な伽藍の面影はない。しかし発掘調査の結果、現在の飛鳥寺本堂の建つ場所はまさしく馬子の建てた飛鳥寺中金堂の跡地であり、本尊の釈迦如来像（飛鳥大仏）は補修が甚だしいとはいえ飛鳥時代と同じ場所に安置されていることが分かった。日本最古の寺院・飛鳥寺は衰退したとはいえ、21世紀の今日まで法灯を守り続けているわけである。（２０１４．４．７訪問）
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